尹世刚
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PCR技术详解
PCR技术概论 聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断;可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。过去几天几星期才…
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细数荧光定量PCR中的8种对照
对照的目的是对检测的各个环节进行监控,因此我们按照检测的流程对对照进行梳理。常规荧光定量PCR的流程是:样品采集-运输-样品处理-核酸提取-反转录(RNA病毒)-扩增-结果读取。下面看看各个环节都可以使用哪些对照: 1.阳性对照(Positive control,PC)和阴性对照(Negative control,NC) 阳性对照和阴性对照是指在相同的处理条件下,比如一份已知的感染样品和一份已知的…
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qRT-PCR相对定量计算详解
做完转录组分析之后,一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本的表达是否可靠。荧光定量PCR是一种相对表达定量的方法,他的计算方法有很多,常用的相对定量数据分析方法有双标曲线法,ΔCt法,2^-ΔΔCt法(Livak法),用参照基因的ΔCt法和Pfaffl法。这里主要讲解常用的2^-ΔΔCt法(Livak法)如何计算; qRT-PCR原理 以基因的cDNA为模板进行PCR扩增,在PCR扩…
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实时荧光定量PCR探针法原
众所周知,目前主流的实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR)方法分为染料法和探针法,染料法以SYBR Green法为代表,SYBR Green染料游离时荧光微弱,但但一旦与双链DNA结合后,荧光大大增强,反应管中的荧光强度与反应管中双链DNA的数量成正比例关系,因此可以通过检测荧光计算反应管中产生的双链DNA(PCR产物)的量,但该方法没有特异性,非特异性扩增的…
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核酸检测中的假阳性与假阴性之辨!
雅培(Abbott)推出的新冠肺炎快速检测“神器”ID NOW 号称可以在5分钟内测试出阳性病例,13分钟内反馈出阴性结果。该神器一经推出就轰动全球,美国总统特朗普和FDA局长“直播带货”。但是近日,纽约大学在预印本上的一项的研究显示,ID NOW采用“干棉签法”测试,假阴性比例更高达48%。即便研究人员换用更精确的鼻咽拭子进行检测,漏检率也达到1/3。 …
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如何选择一个合适的样本进行NGS检测?
近年来,随着精准医疗的不断发展,结直肠癌(colorectal cancer,CRC)与二代测序(Next-generation sequencing,NGS)的组合不再陌生。CRC是人类最常见的恶性肿瘤之一。针对表皮生长因子受体的靶向治疗(如西妥昔单抗的应用),在晚期CRC治疗的临床实践中已取得了良好的效果。然而,其疗效除受大家已经熟知的KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA等EGFR下游基…
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western blot 操作步骤详解
我做 western 的时候,发现目前的资料都很老,网上的资料也大多互相传抄,说法各异,于是综合了目前网上所能找到的资料和个人实际经验,编辑了这份 western blot 操作步骤,内容包括主要操作步骤和所需要注意的有用的细节,并附上参考文献。 我按下文的步骤操作已经做出来了稳定可重复的、背景干净的 western 条带了,所以相信你也行。为了节省时间,我总结了一下 western blot Q…
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关于PCR技术那些事
什么是PCR? 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)是一种分子生物学技术,用于体外扩增特定的DNA片段。 PCR技术发展简史 PCR之父 Kary Mullis PCR反应基本原理和反应过程 基本原理: 反应过程: 变性——将被复制的DNA片段在高于其Tm的条件下(94~95℃)加热,使DNA双螺旋结构的氢键断裂二解螺旋,形成两条单链分子作为扩增反应的模板,…
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PCR实验中,这些点你get到了吗
PCR简介 聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术是基因扩增技术的一次重大革新,是分子生物学发展史中的一个重要里程碑。自20世纪80年代初发展以来,因其具有敏感度高、特异性强、快速简便等特点,在分子生物学、医学、遗传学、法医学、微生物学、食品检验、卫生检验等众多领域中具有巨大的应用价值和广阔的发展前景。 PCR 技术发展史简图 二、PCR反应前注意事项 1…
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miRNA引物设计(茎环法)
原理:由于miRNA在20bp左右,没法根据其设计引物检测出来,于是,人们就先将其延长,也就是先加一个环状片段,这样就使得原来20bp左右的延伸为80bp左右了,然后就可以根据这个80bp片段设计引物啦。 具体操作: 需要三种引物:逆转录引物(RT-primer,用于延长miRNA的)、实时定量PCR上游引物、实时定量PCR通用下游引物。 1、逆转录引物 逆转录引物序列由5’端茎环结构引物和3’端…
